中国科学院水生生物研究所的前身是1930年1月在南京成立的中央研究院自然历史博物馆，1934年改名为中央研究院动植物研究所。抗日战争爆发后，先后迁至湖南南岳、广西阳朔、四川北碚。1944年分为动物、植物两个研究所。抗战胜利后，动物所由北碚迁至上海。新中国成立后，中国科学院将前中央研究院动物研究所的主体、部分植物所的研究人员及北平研究院的部分研究人员合并，于1950年组成中国科学院水生生物研究所，所址设在上海，1954年迁至湖北武汉。

今天，水生所有职工347人，其中255名科技人员中，高级研究人员 83人。有中国科学院院士5人，博士生导师26人。设有生物学博士后流动站，水生生物学专业、遗传学专业两个博士学位点，水生生物学、环境科学、遗传学三个硕士学位点。拥有一个国家重点实验室--- 淡水生态与生物技术国家重点实验室，一个院级开放台站---东湖湖泊生态系统开放试验站，一个国家工程中心---国家淡水渔业工程技术研究中心武汉中心，七个研究室：鱼类学研究室、鱼类遗传育种学研究室、鱼病学研究室、淡水生态学研究室、藻类学研究室、水污染生物学研究室、白鳍豚研究室。建所以来，共取得科研成果近600项，其中161项获得国家和中科院、省、部委的自然科学奖、科技进步奖。发表学术论文2700余篇，出版专著107部。

在青年科技骨干中，有5人次获国家杰出青年科学基金，7人入选（纳入）“百人计划”， 7个青年科学家小组已进入知识创新工程，还有4人5次获中国科学院青年科学家奖一、二等奖，2人入选国家“百千万人才工程”第一层次。正在开展的139 个课题中，104个课题均由45岁以下的青年科技骨干担任课题负责人，8个研究室的14位正副主任中13位年龄都在45岁以下。水生所正以一个崭新的面貌向21世纪迈进。

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